Пирин е многоводна планина. Тя дава началото на голям брой реки, които принадлежат към водосборните басейни на Струма и Места.
Най-голямото водно богатство на Пирин са красивите езера. На брой 176, те имат ледников произход, разположени са в малки и големи циркуси. Поради този си произход те са сравнително дълбоки, бистри, а поради височината - много студени. От високопланинските езера в България най-голямото пиринско езеро - Поповото е на четвърто място по големина и второ по дълбочина в България.