Историята на Пергамон започва от разпадането на Персийското царство. След смъртта на Александър Велики, Лизимах, един от пълководците му, получил западната част на Анадола и избрал за съхраняване на неизброимите богатства непристъпната скала, където впоследствие бил построен град Пергамон.

След това Пергамон станал резиденция на християнските епископи и византийците използвали плочи с релефи от гръцките и римски постройки за изграждането на градски укрепления.

През 716 година градът пада в ръцете на арабските завоеватели, а в първата половина на XIV век го завладяват турците.

Археологическите разкопки на Пергамон започват през 1900 година. На самия връх е разположен Акропола, където била знаменитата Библиотека, в която се съхранявали над 200 000 пергаментови свитъци.

Известно е, че Марк Антоний подарил най-богатата библиотека на Клеопатра и по-късно безценните ръкописи загинали в пожарите на Египет.